Черные - не вроде, а точно военные
Желтые - арендованная машина (обычно какой-нибудь фирмой у государства). В случае банкротства арендатора, например, такая машина не подлежит описи как распродаваемое имущество.
Красные - посольства и консульства зарубежных стран.
Голубые - МВД
С флагом вместо номера региона - правительство и дума (в т.ч. региональные, например, Красноярская городская дума или Красноярский губернатор). Кстати, если смотреть на этот флаг под небольшим углом, то будет видно изображение "чернобыльского воробушка"