Ведомство федерального канцлера было проинформировано советскими дипломатами о предстоящем выезде Хонеккеров в Москву. Официально Федеральное правительство ограничилось протестом, ссылаясь на наличие ордера на арест и, соответственно, на нарушение Советским Союзом суверенитета ФРГ и норм международного права. На этот момент времени Договор об окончательном урегулировании в отношении Германии, закреплявший полный суверенитет Германии, ещё не был ратифицирован Верховным Советом СССР. Договор официально вступил в силу только 15 марта 1991 года после того, как он вместе с ратификационной грамотой был получен министром иностранных дел ФРГ. С этого момента давление на Москву по делу Хонеккера усилилось[25].
Отношения между Горбачёвым и Хонеккером ухудшались уже в течение нескольких предшествующих лет. СССР, как и другие страны Восточного блока, находился в процессе распада. Августовский путч ослабил позиции Горбачёва. Президент РСФСР Б. Н. Ельцин запретил КПСС, генеральным секретарём которой являлся М. С. Горбачёв (25 декабря 1991 года Горбачёв ушёл в отставку с поста президента СССР) и в декабре правительство РСФСР потребовало от Хонеккера в трёхдневный срок покинуть страну, пригрозив экстрадицией[26].
11 декабря 1991 года Хонеккеры укрылись в посольстве Чили в Москве. По воспоминаниям Маргот Хонеккер, убежище Хонеккерам также были готовы предоставить Северная Корея и Сирия, но Чили вызывала больше доверия: после военного путча 1973 года ГДР приютила у себя многих чилийцев, в том числе посла Клодомиро Альмейду, а дочь Хонеккеров Соня была замужем за чилийцем. В это время у власти в Чили находилась левобуржуазная коалиция, федеральное правительство ФРГ заявило, что если Россия и Чили хотят претендовать на звание правовых государств, то Хонеккер, в соответствии с ордером на арест, должен быть выдан в ФРГ.
...
В июне 1992 президент Чили Патрисио Эйлвин заверил федерального канцлера Гельмута Коля в том, что Хонеккер покинет посольство Чили в Москве. Российская сторона также не видела оснований для отмены своего решения о возвращении Хонеккера в Германию, принятого в декабре 1991 года.
29 июля 1992 года Эрих Хонеккер вылетел в Берлин, где в аэропорту Тегель был арестован и препровождён в тюрьму Моабит. Маргот Хонеккер прямым рейсом «Аэрофлота» вылетела из Москвы в Чили, где её приняла дочь Соня.